В 1998 году НСОШ №3 получила статус общеобразовательной школы с углубленным изучением отдельных предметов. Углубленно изучаются: русский язык, литература, английский язык, математика, информатика, физика.
С 2004 года организовано профильное обучение по следующим направлениям: информационно-технологический профиль, физико-математический профиль (Роснефть-класс), физико-химический профиль (Роснефть-класс), социально-гуманитарный профиль, социально- экономический профиль.
В настоящее время школа находится на этапе модернизации и обновления содержания образования. В связи с этим интенсивно развивается вариативность образовательных программ и учебно-методических комплектов. Кроме традиционного классического УМК « Школа России», с 1993 года учащиеся обучаются по развивающей системе Л.В.Занкова, на протяжении десяти лет - по УМК « Гармония» и « Планета знаний».
Выбрать наиболее подходящий УМК помогает предшкольная подготовка, которая ведется в нашей школе уже много лет и себя оправдывает. Ежегодно занятия в рамках предшкольной подготовки посещают более 100 детей. Мы сотрудничаем с ДОУ №3 «Березка», ДОУ №4 «Радуга», ДОУ №6 «Журавушка», ДОУ №7 «Белочка».
В школе создана система поиска и поддержки талантливых и одарённых детей. Родителям предоставляется возможность получить индивидуальные консультации. Учащиеся школы ориентированы на самопрезентацию, обучаются ведению собственного портфолио.